Bez popisu

2 Větve

Fabian Peter Hammerle 3013d8f97a read_hippocampal_volume_file_dataframe test: ignore order of rows & columns to fix tests failing with python3.5		před 5 roky
examples	6c7366a6cb rename column: `volume` -> `volume_mm^3`	před 5 roky
freesurfer_volume_reader	6c7366a6cb rename column: `volume` -> `volume_mm^3`	před 5 roky
tests	3013d8f97a read_hippocampal_volume_file_dataframe test: ignore order of rows & columns to fix tests failing with python3.5	před 5 roky
.pylintrc	07b02d4e5b pylint: disable missing-docstring	před 5 roky
.travis.yml	c9ccc6214b travis-ci: enable python3.5	před 5 roky
Pipfile	658cd31d97 recursively search for freesurfer's hippocampus volume files; csv output	před 5 roky
Pipfile.lock	658cd31d97 recursively search for freesurfer's hippocampus volume files; csv output	před 5 roky
README.md	cde1485785 readme: added travis-ci badge	před 5 roky
setup.py	3efeac7f85 setup.py: fixed repo url	před 5 roky

freesurfer-volume-reader

Python script & library to read hippocampal subfield volumes computed by Freesurfer

https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/HippocampalSubfields

Install

pip3 install --user freesurfer-volume-reader
freesurfer-volume-reader --help

Usage

export SUBJECTS_DIR=/my/freesurfer/subjects
freesurfer-volume-reader

freesurfer-volume-reader /my/freesurfer/subjects

from freesurfer_volume_reader import find_hippocampal_volume_files, \
                                     read_hippocampal_volume_file_dataframe

for volume_file_path in find_hippocampal_volume_files('/my/freesurfer/subjects'):
    print(read_hippocampal_volume_file_dataframe(volume_file_path))

Tests

pip3 install --user pipenv
git clone https://github.com/fphammerle/freesurfer-volume-reader.git
cd freesurfer-volume-reader
pipenv run pylint freesurfer_volume_reader
pipenv run pytest

README.md

freesurfer-volume-reader

Install

Usage

Tests